Ernst Huber absolviert zunächst von 1910 bis 1914 eine Lehre in der Genossenschafts-Buchdruckerei. Er arbeitet dann als Schriftsetzer und Lithograph in der Offizin F. Rollinger, wo er um 1920 seine erste Mappe künstlerischer Lithographien veröffentlichen kann. Daneben besucht er Abendkurse für ornamentales Zeichnen bei Otto Prutscher und Karl Witzmann an der Wiener Kunstgewerbeschule. Nach dem Kriegsdienst nimmt Huber auf Vermittlung Josef Hoffmanns neben Oskar Kokoschka, Anton Faistauer, Anton Kolig, Franz Wiegele und Herbert Boeckl an der Kunstschau teil. Die erste Ausstellung in der Kunstgemeinschaft ist ein durchschlagender Erfolg. 1928 wird Huber Mitglied der Secession. Lebenslange Freundschaft verbindet ihn mit den Malerkollegen Franz Kitt, Franz von Zülow und Georg Merkel. Ab 1923 unternimmt er zahlreiche Reisen nach Italien, Frankreich, Nordafrika, Palästina, auch nach Südamerika und in die Vereinigten Staaten. Ernst Huber nimmt regelmäßig an Ausstellungen im In- und Ausland teil. Im Jahr 1935 erhält er den Österreichischen Staatspreis für Malerei. Werke des Künstlers befinden sich u. a. in der Österreichischen Galerie Belvedere, im Museum Leopold und der Graphischen Sammlung Albertina in Wien sowie im Oberösterreichischen Landesmuseum in Linz.